通常的母鸡体内可能会有一些致病细菌。而这些致病细菌会转移到鸡蛋当中；
鸡蛋壳本身具有很好的通透性。鸡蛋离开母鸡之后，细菌也很容易穿过蛋壳污染鸡蛋。
2010年10月份，美国爆发了一起鸡蛋被沙门氏菌污染的事件，被召回的鸡蛋总数多达5亿只。鸡蛋中最常见的致病菌是沙门氏菌，污染鸡蛋之后无色无味，不进行专业检测无法分辨。鸡蛋中是否带有致病细菌，跟养殖方式无关。有机鸡蛋、走地鸡蛋等类型，感染细菌的可能性与工业化生产的鸡蛋相比不会更低。
避免此种污染最有效的手段就是把鸡蛋充分煮熟 。这些细菌对于温度的耐受性都不高，通过充分加热，基本上可以把它们剿灭。美国农业部的推荐是，鸡蛋制品加热到160华氏度（约等于71℃）以上。在这个温度下，蛋黄也就凝固了。日常生活中，可以把“蛋黄完全凝固”当作鸡蛋“熟透”的标志。
单面煎蛋的影响
单面煎蛋通常是把鸡蛋放在煎锅内，煎到一面稍微凝固，而蛋黄还处于“溏心”状态，甚至上表面的蛋白都还没有凝固。鸡蛋的凝固温度大概在62℃。显然，单面煎蛋不会实现有效灭菌。
生吃鸡蛋的其他影响
生的鸡蛋蛋白中有一种成分会阻碍生物素（biotin）的吸收。生物素是一种B族维生素，又叫维生素B7或者维生素H。它在鸡蛋黄中比较丰富。不过，如果吃生鸡蛋，不仅鸡蛋中的生物素难以吸收，其他食物中的生物素也被抑制。如果连续几个月每天吃两个甚至更多的生鸡蛋，就可能导致生物素严重缺乏，出现明显症状。这些症状包括脱发、头发褪色，以及眼睛、鼻子、嘴等处出现红色鳞屑性皮疹等。
此外，鸡蛋蛋白中还有一些蛋白酶抑制剂，如果没有被加热失活，就可能抑制消化道内的蛋白酶活性，从而影响蛋白质的消化吸收。不过，考虑到人们的食物中会含有大量蛋白，而这种抑制只是有一定的程度，影响有限。
