植物器官，尤其是成熟果实的颜色，主要是果皮中存在的色素物质呈现的。在果实尚未成熟时，果皮内存在叶绿体，因此显示绿色。随着果实的成熟过程，叶绿素的合成逐渐停止，原来存在的叶绿素逐渐分解，从而暴露原本存在的一些色素，如胡萝卜素、叶黄素等。同时，还合成一些额外的色素，如花青素、甜菜红素及番茄红素等。这些色素共同作用，使得果实呈现出各种不同的颜色。这些色素类物质，本身并无毒性，它们中的很多都被用来作为食品做色剂来使用。
而植物的毒性，则来自于植物本身合成的次生代谢产物。这些产物包括苷类、苯丙素类、生物碱类等物质。这些物质很多带有一定的毒性，其作用是作为植物的防御手段，保护其免受昆虫、食植动物的取食。和色素类物质相反，这些物质大多不具有鲜明的颜色。
一般来说，防御性次生代谢产物，大多集中在根、茎、叶等器官和组织中。因为这类组织是植物生长所必须的。而果实显露的鲜艳的颜色，多是吸引动物来取食，以便将传播种子。相对而言，依靠动物传播的植物果实，颜色更鲜艳，但对于动物的毒性相较植物其他组织来说更低。
不过需要指出的是，很多代谢产物对于一种动物来说没有毒性，但对于另一种动物来说，可能就具有毒性，这个是和动物自身的代谢机能相关的。因此说“毒性”，必须要指明是相对哪种动物（包括人类）显现毒性。
额外说一句，尽管对于植物，以及真菌类来说，鲜明的颜色和毒性没有直接关系，但是在野外，还是尽量避免取食自己不认识的植物或真菌，以免发生中毒事故。而根据颜色是否鲜艳来判断毒性，这种方法更不可取。
